En 2008, el Gobierno de México, bajo creciente presión de actores del sector de justicia y de la sociedad civil, aprobó las reformas constitucionales que obligaban a la transición a un sistema de justicia penal acusatorio, dejando atrás el sistema inquisitivo. Este cambio requirió que los estados mejoraran la transparencia, efectividad y eficiencia en los procesos de justicia penal, protegiendo el debido proceso, promocionando la asistencia a las víctimas de delitos y fortaleciendo los derechos humanos. Como parte de la Iniciativa Mérida, USAID ha apoyado la reforma desde sus inicios, pero a partir de 2016 se ha centrado en su consolidación a nivel estatal.  El trabajo realizado se ha  enfocado en disminuir los altos niveles de impunidad a través de la priorización de los recursos de investigación y de la fiscalía.

USAID apoya a las fiscalías generales y tribunales, entre otras instituciones, para aumentar la eficiencia y efectividad de los sistemas de justicia penal y civil, incluyendo el desarrollo de capacidad analítica, y el acceso de las víctimas a la justicia. USAID también trabaja con actores de la sociedad civil y sector privado para informar a la ciudadanía sobre el valor de tener una justicia transparente, eficiente y receptiva. Los esfuerzos de USAID se centran en 11 estados: Baja California, Baja California Sur, Chihuahua, Coahuila, Jalisco, Nayarit, Nuevo León, San Luis Potosí, Sonora, Tabasco y Zacatecas (con actividades más limitadas en Hidalgo y Quintana Roo)